艾灸保健养生的原理一方面是用热力达到温通经络，行气活血，驱寒除湿等效果。另一方面是借助艾草本身，因为艾草是有的能通十二条经络的物，所以古人经过千年的摸索，最终将艾草定为施灸的主要原料。
现代研究还发现艾灸燃烧时产生的热量，是一种十分有效并适应于机体理疗的物理因子红外线。根据物理学的原理，任何物体都可以发射红外线和吸收红外线，人体也不例外。近红外线对人体的穿透深度较远红外线深，最多可达10mm，并被机体吸收。研究认为，艾灸在燃烧时产生的辐射能谱是红外线，且近红外线占主要成分。近红外线可激励人体穴位内生物分子的氢键，产生受激相干谐振吸收效应，通过神经-体液系统传递人体细胞所需的能量。艾灸时的红外辐射可为机体细胞的代谢活动，免疫功能提供所必需的能量，也能给缺乏能量的细胞提供活化能。而艾灸施于穴位，其近红外辐射具有较高的穿透能力，可通过经络系统，更好地将能量送至灶而起作用。
另外一项现代研究表明，艾燃烧生成物的甲醇提取物，有清除自由基作用，并且比未燃烧的艾的甲醇提取物作用更强。施灸局部皮肤中过氧化脂质显著减少，此作用是艾的燃烧生成物所致。艾的燃烧不仅没有破坏其有效物成分，反而使之有所增强。艾燃烧生成物中的抗氧化物质，附着在穴位处皮肤上，通过灸热渗透进入体内而起作用的。
